本书力求全面介绍生物信息学的基本知识，侧重于生物信息学研究方法的培养。本书内容紧紧围绕应用的目的，尽可能做到深入浅出，同时也有适量的理论推导，使读者能在理解的基础上掌握各种方法的适用条件、应用范围、优缺点等。对提高初学者在生物信息学研究过程中思考和解决问题的能力有极大的帮助。本书可供高校生物、化学、制药等专业作为教材，也可供其他相关专业作为参考书。 |
| 第1章什么是生物信息学 11生物信息学的起源和特点 12生物信息学内涵 121生物信息学的科学基础 122生物信息学的意义 123生物信息学的研究内容 13生物信息学的研究现状和趋势 14生物信息学的学习和实践 141对生物信息学学科的定位 142对教学需求的定位 143教学策略的定位 144生物信息学的教材 145生物信息学的教学方法 思考与练习 参考文献 第2章计算机技术 21互联网的应用 22软件的获得和使用 221insight ⅱ 222gcg wisconsin package .223seqstore 23编制特定的应用程序 24数据管理 241数据库基本概念 242数据库体系结构 243关系数据库 244数据库的保护 思考与练习 参考文献 第3章核酸序列分析 31核酸序列数据库 311genbank数据库 312embl数据库 313ddbj数据库 314ndb数据库 32序列数据库检索 321序列比对工具 322entrez数据库查询系统 323srs数据库查询系统 324medline文献检索工具 33核酸二级数据库 331真核生物启动子数据库 332基因调控转录因子数据库 333单核苷酸多态性数据库 思考与练习 参考文献 第4章蛋白质序列分析 41蛋白质序列数据库 411swissprot 412pirpsd 413nrl3d数据库 414owl数据库 42蛋白质结构数据库 421pdb 422scop 423cath 43蛋白质序列二级数据库 431蛋白质功能位点数据库 432蛋白质序列指纹图谱数据库 433蛋白质序列模块数据库 434蛋白质序列家族数据库 435酶数据库 436可变剪接数据库 437构象参数数据库 438蛋白质家族数据库 439同源蛋白质数据库 思考与练习 参考文献 第5章基因组数据库 51人类基因组数据库 52在线人类孟德尔遗传信息数据库 53线虫基因组数据库 54酵母基因组数据库 55其他基因组数据库 551大肠杆菌k12基因组数据库 552果蝇基因组数据库 553玉米基因组数据库 554京都基因和基因组百科全书 思考与练习 参考文献 第6章统计学基础 61统计推断 611抽样分布 612假设检验的基本方法 613正态总体的假设检验 62方差分析 621单因素方差分析 622双因素方差分析 63回归分析 631一元线性回归 632a，b的最小二估计 633相关性检验 思考与练习 参考文献 第7章模式识别方法 71遗传算法 711遗传算法概要 712遗传算法的运算过程 713遗传算法的特点 714遗传算法的应用 72人工神经网络 721神经网络定义 722神经网络基本原理 723神经网络应用 73支持向量机 731统计学习理论的核心内容 732支持向量机 733核函数 734支持向量机的应用 735svm的不足 思考与练习 参考文献 第8章分子模拟 81分子模型可视化 811结构模型 812生物大分子模型 813分子属性的可视化 82分子力场 821基本原理 822内坐标 823经验势函数力场 824部分分子力场简介 83蒙特卡罗方法 831蒙特卡罗方法基础 832蒙特卡罗模拟算法 84分子动力学方法 841基本原理 842数值算法 思考与练习 参考文献 第9章结构和功能预测 91蛋白质结构预测 911蛋白质结构的一般概念 912从头预测方法 913基于知识的蛋白质结构预测 914正误构象的判断 92rna的二级结构预测 921独立碱基对 922有环结构 923提高内环计算效率 93基因预测 931核酸序列预测与鉴定的步骤 932屏蔽重复序列 933开放读框的识别 934cpg岛 935基因编码区的预测 936基因序列的从头分析 94计算机辅助药物设计 941直接药物设计 942间接药物设计 943组合化学与药物设计相结合 944抗sars冠状病毒药物的 设计 思考与练习 参考文献 第10章脯氨酸的生物信息学研究 101脯氨酸肽键的构象 102基于神经网络的脯氨酸肽键 构象的筛选的研究 1021材料与方法 1022测试结果 1023分析与讨论 103基于支持向量机的脯氨酸肽键 构象预测方法的研究 1031材料与方法 1032结果 1033讨论 104多聚脯氨酸ⅱ型的预测方法的 研究 1041材料与方法 1042结果 1043讨论 参考文献 第11章蛋白质二硫键的生物 信息学研究 111蛋白质二硫键研究概述 1111大肠杆菌二硫键的形成 1112真核生物二硫键的形成 1113二硫键形成预测 1114半胱氨酸氧化还原状态预测 1115二硫键连接模式预测 112二硫键序列分布特征分析 1121材料与方法 1122结果与讨论 113大肠杆菌二硫键形成与基因密码 子关联性分析 1131影响同义密码子用语的因素 1132材料与方法 1133结果与讨论 参考文献 第12章α淀粉酶的生物信息学 研究 121不同界α淀粉酶氨基酸差别 1211材料与方法 1212结果与分析 122α淀粉酶氨基酸含量与其最适 ph的关系 1221材料与方法 1222结果与分析 123α淀粉酶最适ph的相关二肽 和特征二肽 1231材料与方法 1232结果与分析 124直链淀粉的分子动力学模拟 1241计算参数的设定 1242结果与讨论 参考文献 |
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