环境生物技术丛书--环境中的分子生物学诊断技术

.23采用分子诊断技术对环境中毒素的检测分析26
231采用免疫分析对真菌毒素的分子诊断26
232采用免疫分析技术对细菌毒素的分子诊断31
233采用免疫分析技术对其他生物毒素的检测32
24免疫技术对环境中其他重要污染物的检测33
3生物传感器对环境污染物的检测36
31生物传感器的基本原理37
311基础电极设计的一般原则37
312生物传感器应具备的特性38
32生物传感器的研究现状39
321酶传感器39
322微生物传感器41
323免疫传感器43
324组织传感器45
325其他新型免疫传感器47
33采用生物传感器对环境中的污染物进行监测50
331采用生物传感器对环境参数的监测50
332生物传感器对毒素物质的检测53
333利用生物传感器对残留农药的检测53
334采用传感器对重要污染物的检测57
335生物传感器对有机大分子的检测62
336生物传感器对环境中金属离子的检测64
4基于分子诊断技术的环境致病微生物检测66
41利用pcr技术检测环境中的致病微生物66
411聚合酶链式反应66
412采用pcr技术检测病原菌73
413采用pcr检测环境中的病毒78
414pcr检测环境中的寄生虫81
42利用寡核苷杂交技术检测致病微生物84
421核酸探针杂交技术84
422采用dna探针检测病原微生物99
43利用免疫分析技术检测致病微生物107
431免疫分析法检测病原细菌107
432elisa法检测病原真菌108
433elisa法检测病毒109
434elisa法检测病原虫111
44检测环境中病原微生物的其他快速方法111
441检查某些细菌的专有酶进行快速鉴定111
442快速检测细菌生化反应的色原或荧光底物及成套鉴定系统112
443应用不同载体的快速凝集试剂检查与鉴定微生物112
444快速检出细菌的毒素112
445快速的细菌对抗菌药物的敏感性试验113
446化学传感器对病毒的快速监测113
5采用生物芯片检测环境微生物115
51生物芯片的工作原理115
511基因芯片115
512蛋白质芯片120
513芯片实验室120
52基因芯片检测分析环境样品的步骤121
521制备靶分子121
522靶分子和分子探针进行杂交121
523结果检测和数据分析122
53dna芯片在环境病原微生物检测中的应用123
531检测病原体的耐药性124
532快速诊断环境致病微生物126
54基因芯片技术的研究方向及当前面临的困难130
6环境微生物的分子分类132
61微生物的分类系统132
611微生物的分类命名与鉴定132
612分类方法136
62dna组成（g+c）分析137
621dna中g+c含量的摩尔分数137
622g+c含量在细菌分类鉴定中的作用139
623测定基因组dna的g+c含量140
63dnadna分子杂交技术145
631dna的变性和复性145
632dnadna分子杂交技术149
6416s rrna序列分析技术152
64116s rrna的分子结构152
64216s rrna序列分析技术156
64316s rdna测序与细菌分类地位的确定158
644基于16s rdna的系统发生分类法160
65rdna转录间隔区序列分析技术161
65123s rrna的分子结构161
65216s23s rdna间隔区163
65316s23s rdna isr在细菌分类和鉴定中的应用165
654真菌rdna基因间隔区段序列分析及其应用166
66分子系统发育进化树的构建168
661分子进化的基本概念168
662分子进化模型与序列分歧度计算169
663分子系统树的构建172
7分子标记技术与环境微生物多样性分析177
71限制性片段长度多态性分析及其在环境微生物检测中的应用177
711rflp分析的基本原理177
712dna片段的变异178
713rflp的操作步骤与应用范围180
72随机扩增多态性dna技术及应用181
721rapd技术的基本原理181
722rapd技术的操作程序182
723rapd在微生物分类鉴定中的应用183
73dna单链构象多态（sscp）技术184
731pcrsscp技术的基本原理184
732操作程序185
733pcrsscp的优缺点分析186
734sscp技术在检测突变方面的应用187
74扩增的限制性片段长度多态性（aflp）技术187
741aflp的基本原理187
742操作程序188
743aflp技术的应用190
75扩增性限制性酶切片段分析及其应用191
751ardra的基本原理191
752ardra的操作程序191
753ardra技术的应用192
76appcr的指纹图谱195
761appcr的基本原理195
762appcr指纹图谱在微生物菌体鉴别中的应用195
763rna的appcr的指纹图谱196
764trna基因重复序列之间的pcr196
77其他环境微生物多样性分析的分子标记技术197
771特异引物的pcr标记197
772issr标记199
773trflp199
774pcrdgge方法200
775温度梯度胶电技术202
8环境微生物基因组和蛋白质组分析203
81环境微生物基因组分析203
811微生物基因组计划进展203
812微生物基因组测序的策略203
813微生物基因组的注释205
82嗜盐古细菌sp nrc1基因组概述206
83嗜热自养甲烷杆菌δ h菌株基因组概述207
84詹氏甲烷球菌208
85闪烁古生球菌210
86环境群体微生物基因组的比较分析212
861天然微生物聚集体中的基因组212
862自然菌群基因组大片段文库213
863多变性——微生物群体基因组214
87环境微生物蛋白质的大规模分离技术214
871蛋白质双向电泳技术215
872色谱质谱技术230
873一维电泳（色谱）质谱技术232
88环境微生物的高通量蛋白质鉴定技术232
881生物质谱技术233
8822de胶上蛋白质识别与鉴定技术233
883生物质谱新技术234
89环境微生物蛋白质组学235
891环境胁迫条件下的微生物蛋白质组学235
892病原微生物蛋白质组学236
893与微生物生理生化相关的定量蛋白质组学236
894亚蛋白质组学在环境微生物研究的应用237
895基因工程微生物蛋白质组学237
810微生物群落蛋白质组学238
8101微生物群落蛋白质组学238
8102自然微生物群落的蛋白质提取239
9利用分子诊断技术监测微生物群落结构和群落动态241
91fish技术在微生物群落结构和群落动态研究中的应用241
911fish技术发展和关键操作环节241
912采用fish技术鉴定和定量分析特异微生物243
913应用fish技术监测微生物群落结构、功能和动态246
914fish技术应用时的主要问题252
92应用dgge技术监测微生物群落结构和群落动态253
921dgge技术253
922dgge的操作方法256
923应用dgge技术监测微生物的群落动态256
93应用sscp分析技术监测微生物的群落动态258
931sscp在分析监测微生物群落动态中的可行性258
932应用 sscp分析技术监测微生物的群落动态258
10环境微生物群落功能基因与表达分析262
101环境微生物群落功能基因与定位262
1011多环芳烃降解基因262
1012氨单加氧酶基因264
1013有机磷水解酶基因266
1014酚类化合物降解基因267
1015脱色相关基因269
1016其他降解基因271
102环境微生物群落功能基因表达分析272
1021northern blotting杂交技术272
1022蛋白质二维(双向)电泳在降解微生物表达分析中的应用277
1023western blot杂交技术278
1024原位pcr的功能基因原位表达分析283
1025生物芯片的功能基因原位表达分析287
11分子诊断技术与生物信息学292
111生物信息学研究的主要内容293
1111获取人类和各种生物的完整基因组293
1112发现新基因和新的单核苷酸多态性294
1113研究基因组中非编码蛋白质区域的结构与功能295
1114在基因组水平上研究生物进化296
1115比较完整的基因组296
1116从功能基因组到系统生物学296
1117蛋白质结构模拟与药物设计297
112生物信息数据库与查询298
1121分子生物学数据库298
1122基因库的entrez浏览检索307
1123blast程序309
113系统进化与序列分析316
1131分子进化钟与中性理论316
1132分子进化树318
1133基因组序列信息分析325
114杂交探针与pcr引物的设计328
1141探针和引物设计优化328
1142探针和引物设计331
1143进行分子诊断时常用的分子生物学软件介绍331
12分子生物学诊断技术与生物安全性337
121引起生物安全问题的主要因素337
1211生物入侵337
1212生物多样性的破坏339
1213有害生物340
1214基因流动340
122转基因生物的安全性341
1221转基因植物及其安全性341
1222转基因动物及其安全性345
1223转基因微生物及其安全性350
1224医药生物技术及其产品的生物安全355
123基于分子生物学诊断技术的生物安全性监测与评价361
1231转基因植物安全性监测与评价361
1232分子诊断技术用于转基因动物安全性监测与评价365
1233分子诊断技术用于转基因微生物安全性监测与评价368
1234分子诊断技术用于医药生物技术及其产品的安全性评价372
参考文献382