| 第三版前言 第二版前言 第一版前言 第1章 序列比对工具BLAST和ClustalX 1.1 BLAST搜索程序 1.2 本地运行BLAST（Windows系统） 1.3 多序列比对（ClustalX） 参考文献 第2章 真核生物基因结构的预测 2.1 基因可读框的识别 2.2 CpG岛、转录终止信号和启动子区域的预测 2.3 基因密码子偏好性计算：CodonW的使用 2.4 采用mRNA序列预测基因：Spidey的使用 2.5 ASTD数据库简介 参考文献 第3章 电子克隆 3.1 种子序列的搜索 3.2 序列拼接 3.3 在水稻数据库中的电子延伸 3.4 电子克隆有关事项的讨论 参考文献 第4章 分子进化遗传分析工具（MEGA 5） 4.1 序列数据的获取和比对 4.2 进化距离的估计 4.3 分子钟假说的检验 4.4 系统进化树构建 参考文献 第5章 蛋白质结构与功能预测 5.1 蛋白质信息数据库 5.2 蛋白质一级结构分析 5.3 蛋白质二级结构预测 5.4 蛋白质家族和结构域 5.5 蛋白质三级结构预测 5.6 蛋白质结构可视化工具 参考文献 第6章 序列模体的识别和解析 6.1 MEME程序包 6.2 通过MEME识别DNA或蛋白质序列中模体 6.3 通过MAST搜索序列中的已知模体 6.4 通过GLAM2识别有空位的模体 6.5 通过GLAM2SCAN搜索序列中的已知模体 6.6 应用TOMTOM与数据库中的已知模体进行比对 6.7 应用GOMO鉴定模体的功能 6.8 应用MCAST搜索基因表达调控模块 6.9 应用MEME-ChIP发现DNA序列模体 6.1 0应用SPAMO推测转录因子的结合位点 6.1 1应用DREME发现短的正则表达模体 6.1 2应用FIMO寻找数据库已知的模体 6.1 3应用CentiMo寻找主要的富集模体 参考文献 第7章 蛋白质谱数据分析 7.1 生物质谱技术的基本原理 7.2 X!Tandem软件 7.3 Mascot软件 7.4 Sequest软件 7.5 蛋白质组学数据统计分析TPP软件 参考文献 第8章 基因芯片数据处理和分析 8.1 芯片数据的获取和处理 8.2 芯片数据聚类分析和差异表达基因筛选 8.3 GenMAPP芯片数据的可视化 8.4 通过GEO检索和提交芯片数据 8.5 应用DAVID工具对芯片数据功能注释和分类 参考文献 第9章 GO基因本体和KEGG代谢途径分析 第10章 系统生物学网络结构分析 第11章 Bioperl模块数据分析及其安装 第12章 读序列（reads）定位软件Bowtie 第13章 UCSC基因组浏览器 第14章 SNVs和Indel识别分析方法及工具 第15章 小RNA高通量测序数据分析 第16章 RNA测序（RNA-Seq）分析 第17章 全基因组序列拼接的流程和方法 英汉对照词汇 英文索引 中文索引 彩图 |
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