《福建东山珊瑚自然保护区及其生物多样性》共分8章，每章围绕一个主题展开。第一章介绍东山珊瑚自然保护区的总体情况，包括保护区的海洋环境、东山珊瑚的特色、主要威胁与保护；第二章介绍东山珊瑚礁保护区的自然环境，包括了保护区的地理位置及地质地貌、海洋气象与水文环境等； 第三章论述东山的海洋理化环境状况、污染情况与水环境质量的调查、评价等；第四章全面阐述东山县周边海域的石珊瑚种类、资源及其分布；第五章阐述东山海域的其他生物资源及其分布，包括获得的浮游植物与浮游动物的调查结果，以揭示该保护区内丰富的浮游生物类群及其多样性，综述了该区的潮间带生物与底
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