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| 《系统生物学导论:生物回路的设计原理》由化学工业出版社出版。 |
| 第1章 绪论 进一步阅读 第2章 转录网络：基本概念 2.1 引言 2.2 细胞的认知问题 2.3 转录网络中的元件 2.3.1 时间尺度分离 2.3.2 边上的符号：激活剂和阻抑物 2.3.3 边上的数字：输入函数 2.3.4 逻辑输入函数：一个理解网络动力学的简单框架 2.3.5 多维输入函数调控具有几个输入的基因 2.3.6 小结 2.4 简单基因调控的动力学和响应时间 2.4.1 稳定蛋白质的响应时间是一个细胞世代 进一步阅读 习题 第3章 自身调节：一种网络模体 3.1 引言 3.2 模式、随机化网络及网络模体 3.2.1 与随机化网络比较发现网络模体 3.3 自身调节：一种网络模体 3.4 负自身调节网络加快基因回路的响应时间 3.5 负自身调节可增强生成速率波动的鲁棒性 3.5.1 正自身调节延缓响应且能导致双稳态 3.6 总结 进一步阅读 习题 第4章 前馈环网络模体 4.1 引言 4.2 子图在随机网络中出现的次数 4.3 前馈环是一个网络模体 4.4 前馈环基因回路的结构 4.5 具有逻辑“与”的协调1型ffl的动力学 4.6 c1ffl是一个信号敏感的延迟元件 4.6.1 在sx的on跳变后的延迟 4.6.2 在sx的off跳变后没有延迟 4.6.3 c1ffl是一个信号敏感的延迟元件 4.6.4 信号敏感延迟能防止短暂的输入波动 4.6.5 大肠杆菌的阿拉伯糖系统中的信号敏感延迟 4.6.6 “或”门c1ffl对sx的off跳变是信号敏感延迟的 4.6.7 小结 4.7 非协调1型ffl 4.7.1 非协调ffl的结构 4.7.2 i1ffl的动力学：一个脉冲发生器 4.7.3 i1ffl加快了响应时间 4.7.4 响应加速是信号敏感的 4.7.5 i1ffl动力学的实验研究 4.7.6 加快响应的三种方法（小结） 4.8 为什么有些ffl类型是稀有的？ 4.8.1 i1ffl的稳态逻辑：sy能开启高表达 4.8.2 i4ffl，一个稀有的选择回路，拥有简化的功能性 4.9 ffl的趋同进化 4.10 总结 进一步阅读 习题 第5章 时间程序与转录网络的整体结构 第6章 发育、信号转导及神经网络中的网络模体 第7章 蛋白质回路的鲁棒性：细菌趋化性的例子 第8章 发育中的鲁棒模式形成 第9章 动力学校正 第10章 最优的基因回路设计 第11章 基因调控的需求规则 第12章 结束语：生物学中的简单性 进一步阅读 附录 词汇表 参考文献 中文索引 英文索引 |
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