| 这是一本关于生物信息学算法和计算思想的导论性教科书，原著由国际上的权威学者撰写，经国内知名专家精心翻译为中文，系统介绍推动生物信息学不断进步的算法原理。全书强调的是算法中思想的运用，而不是对表面上并不相关的各类问题进行简单的堆砌。 体现了以下特色： 阐述生物学中的相关问题，涉及对问题的模型化处理并提供一种或多种解决方案： 简要介绍生物信息学领域领军人物； 饶有趣味的小插图使得概念更加具体和形象，方法更容易被领会，激励学生学习的兴趣并鼓励他们加入到生物信息学研究工作中来。 书中的大量论述表明：较少的几种设计思想就能解决大量的生物学难题。 目前，可供本科学生使用的生物信息学著作为数不多，本书恰恰是其中的一本。国内生物信息学，计算生物学、计算数学等领域的本科生、研究生和其他研究人员，会从书中汲取基本的算法原理、解决实际问题的方法和技巧，进而更好地从事相关研究工作。 |
| 1绪论1 2算法与复杂性6 21算法是什么？6 22生物学算法与计算机算法11 23找钱问题14 24正确的与错误的算法17 25递归算法20 26迭代算法与递归算法的比较24 27快速算法与慢速算法的比较28 28大O记号30 29算法设计技术33 210易处理与不易处理问题的比较39 211附注41 人物天地：Richard Karp42 212问题44 3分子生物学简介47 31生命是由什么组成的？47 32什么是遗传物质？48 33基因是干什么的？49 34哪些分子编码基因？50 35DNA的结构是怎样的？51 36在DNA和蛋白质间传递信息的物质是什么？52 37蛋白质是由什么组成的？53 38我们该如何去分析DNA？55 39一个物种的个体差异是怎样产生的？59 310不同物种间有怎样的差异？60 311为什么要搞生物信息学？61 人物天地：Russell F.Doolittle64 4穷举搜索67 41限制酶切作图67 42不实用的限制酶切作图算法71 43一个实用的限制酶切作图算法72 44DNA序列上的调控基序74 45序列剖面76 46基序发现问题79 47检索树81 48发现基序88 49发现一个中间字符串90 410附注93 人物天地：Gary Stormo95 411问题97 5贪婪算法101 51基因组重排101 52反序排序法103 53近似算法105 54断点：贪婪的另一面106 55 贪婪方法与基序发现109 56附注111 人物天地：David Sankoff112 57问题115 6动态规划算法118 61DNA序列比较的力量118 62找钱问题重述119 63曼哈顿游客问题122 64编辑距离与联配132 65最长共同子序列136 66全局序列联配140 67得分联配141 68局部序列联配142 69缺口罚分联配145 610多重联配146 611基因预测151 612基因预测的统计方法154 613基于相似性的基因预测方法156 614剪接联配158 615附注162 人物天地：Michael Waterman163 616问题165 7分而治之算法178 71排序问题的分治法178 72空间效率高的序列联配181 73模序联配和四个俄罗斯人的加速法184 74在亚二次时间内构建联配187 75附注188 人物天地：Webb Miller189 76问题192 8图算法194 81图194 82图与遗传学202 83DNA测序204 84最短超字符串问题205 85作为可选择测序技术的DNA阵列207 86杂交测序209 87SBH与Hamilton路问题210 88SBH与欧拉路问题211 89DNA测序中的片段装配214 810蛋白质测序和鉴定217 811肽测序问题220 812谱图222 813基于数据库搜索的蛋白质鉴定224 814谱的卷积226 815谱联配228 816附注232 817问题234 9组合模式匹配241 91重复序列发现241 92哈希表242 93精确模式匹配245 94关键词树247 95后缀树249 96启发式相似性搜索算法251 97近似模式匹配253 98BLAST：依靠数据库的序列比较256 99附注257 人物天地：Gene Myers258 910问题261 10聚类和树263 101基因表达分析263 102系统聚类265 103k均值聚类268 104聚类和有瑕团270 105进化树274 106基于距离的树重构277 107由可加矩阵重构树279 108进化树与系统聚类283 109基于字符的树重构285 1010小简约问题286 1011大简约问题290 1012附注292 人物天地：Ron Shamir294 1013问题297 11隐马氏模型299 111CG岛和“公平赌场”299 112公平赌场和隐马氏模型301 113解码算法304 114隐马氏模型参数估计306 115剖面隐马氏模型联配307 116附注310 人物天地：David Haussler311 117问题314 12随机化算法316 121排序问题回顾316 122吉布斯抽样318 123随机投影320 124附注322 125问题323 参考文献325 索引332 |
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