| 孟朝晖，河海大学计算机及信息工程学院副教授，1968年生，1989年本科毕业、1992年硕士研究生毕业于西安交通大学数学系。从事计算机专业和通信专业的教学与科研工作，已发表9篇第一作者论文。目前的主要研究方向为：蛋白质结构分析，生物信息学。 |
| 第1章 蛋白质简介 1.1 氨基酸 1.2 肽链 1.3 肽键的空间结构与β-折叠 第2章 蛋白质数据库PDB 2.1 PDB数据格式 2.2 序列和原子坐标记录 2.3 蛋白质二级结构数据 2.4 注释记录 2.5 连接类记录 第3章 β-筒型外膜蛋白质 3.1 β-筒型外膜蛋白质的结构 3.2 良筒型外膜蛋白质的功能 3.3 β-折叠股的N端和C端不对称 3.4 角度模型 3.5 侧链旋转异构体 第4章 β-筒型外膜蛋白质的数据 4.1 OMPA超族 4.2 OMP超族 4.3 Autotransporter超族 4.4 OMPLA超族 4.5 Tsx超族 4.6 长链脂肪酸转运蛋白族 4.7 寡糖转运蛋白族 4.8 孔蛋白族 4.9 麦芽糖孔蛋白族 4.10 配体门控通道蛋白族 4.11 附录 第5章 β-筒型外膜蛋白质的折叠 5.1 OmpA的SDS-OG-DMPC折叠过程 5.2 OmpA的UREA-DMPC折叠过程 5.3 OmpA折叠的3个中间过程 5.4 用荧光猝灭技术研究OmpA的折叠过程 第6章 神经网络概述 6.1 生物神经元简介 6.2 人工神经元 6.3 神经网络计算模型 6.4 感知机 6.5 BP神经网络 第7章 蛋白质结构的神经网络预测 7.1 z-坐标值神经网络预测法 7.2 β-结构的神经网络直接预测法 第8章 隐马氏模型基础 8.1 HMM模型的基本概念 8.2 前向后向算法 8.3 Viterbi算法 8.4 Baum-Welch算法 第9章 蛋白质结构的隐马氏模型预测 9.1 基于序列模体的HMM模型预测β-筒型蛋白质结构 9.2 含4类子模型的HMM模型预测β-筒型蛋白质结构 9.3 表示折叠股方向的HMM模型预测β-筒型蛋白质结构 第10章 基于物理化学性质的结构辨识方法 10.1 通过构象参数规则辨识蛋白质结构 10.2 4个指标辨识蛋白质结构 10.3 基于残基统计指标辨识蛋白质结构 10.4 残基在β-筒型蛋白质不同位置的统计特性 10.5 筒型蛋白质折叠股间的相互作用模式 附录 参考文献 |
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